成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

吸血鬼猎人D是吸血鬼王和人类女子生的后代，他身手敏捷，是响当当的吸血鬼猎人。这次，埃尔邦家族的千金夏洛特被吸血鬼掳了去，庄园主请来了D和吸血鬼猎人马克思兄妹前往营救。途中，D和马克思兄妹因为争夺酬金而互相较量，弄得不欢而散。随后，D受到了贵族三杰的袭击，紧要关头D突然发病，危在旦夕之际马克思兄妹中的

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹