在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹

在地球的一个偏远角落，隐藏着古老文明帕拉吉的遗址，这是一个封锁通往地狱之路的神秘地点。由黑崎（マイケル富岡 饰）引发的贪欲行为，解开了封印，释放了恐怖的阎魔兽赛葛古至人间。正义的守护者艾克斯奥特曼在与赛葛古的对决中消失了。在Xio的成员和考古学家玉城司（吉本多香美 饰）的带领下，一行人寻找封印阎魔兽