時為1907年，《歌劇魅影》故事的十年後。已為人母的Christine已成為享負盛名的女高音，然而丈夫勞爾子爵卻一蹶不振，負債累累、酒醉度日。同時，魅影在Madame Giry兩母女的協助下，輾轉來到美國科尼島的奇藝坊。魅影出於對Christine的思念，匿名邀請Christine前來他的劇院獻唱。

洛娜·布雷迪是一个虚构的爱尔兰小镇基尔基努尔的女人，一天早上醒来发现家里有一具尸体。令人不寒而栗的是，洛娜不知道死去的女人是谁，也不知道她自己是否应该对这起明显的谋杀案负责。这是因为自从洛娜在15岁时被剥夺了她的生活并被关进修道院以来，她就一直遭受着极端的梦游的折磨。在那里，洛娜生下了她的女儿艾格尼

美国南北战争时期，连连征战和南方军队的节节败退令士兵Inman（Jude Law 饰）心灰意冷，为了再见情人Ada（Nicole Kidman饰），他离开部队，踏上了漫漫回家路。　　在他的家乡，偏僻的冷山镇，Ada也饱受生活的折磨和等待的痛苦。父亲的去世和奴隶的离开，使养尊处优的Ada生活难以为继，

派屈克與父母到小島渡假，不料遭到不明生物攻擊，他的父母因而喪生！劫後餘生的派屈克因打擊過大而精神失常，心理學家為了幫助他療傷，特地帶他重回舊地，卻再度遭受擊…。後來才發現，因為石油公司在小島進行鑽探工作，破壞了自然生態，讓巨型蜥蜴科摩多產生攻擊性，他們能夠全身而退嗎？