日本，幕府时代，流浪中的瞽女（抚琴卖艺的盲人女子）市（绫濑遥饰）在大雪中被人收留，收留她的男子心怀不轨，不想市一剑就将其刺伤。原来市深怀绝世剑法，流浪四方，目的是寻找一名男性盲人剑客。　　市在途中与貌似胆小的落魄剑客十马（大泽隆夫饰）相识，二人结伴来到了一个村镇。这里有名为万鬼党的流氓团伙作恶，市

一年后，机龙（机械哥吉拉）在与哥吉拉（Godzilla）的决战中受损37%，失去了右腕和终极武器——绝对零度炮。修复团队的中条义人在八王子基地负责修复工作。某日，中条在叔叔信一的别墅度假时，婴儿岛的小美人精灵突然现身，警告他们用哥吉拉骨骸制造机龙是个错误，并预言摩斯拉将成为人类的敌人。信一试图说服老

1999年，一颗巨大陨石坠落地球，夺去了整个海洋。同时，地球外生物WORM开始在世界各地繁殖。为了对抗迅速支配广泛地区的WORM，人类成立了对抗组织ZECT，开发出幪面超人系统，投入战场与WORM展开激战。经过七年的战争，地球逐渐沙漠化。2006年，一部分不满ZECT束缚的成员组成独立团体NEO Z