堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门

公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。　　是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中

小遥（绫濑遥 配音）是一名平凡的十六岁高中女生，母亲（户田菜穗 配音）早早的就离开了她，如今，小遥和父亲（大森南朋 配音）一起过着相依为命的生活。某日，小遥独自一人来到了位于武藏野的一间神社内，这里留有她童年时代的美好记忆。然而，令小遥没有想到的是，她竟然发现了一只正在搬运东西的狐狸（泽城美雪 配音

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂?斯泰琳