多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

　　这部作品以吴越争霸为历史背景，吴优而越劣，勾践为击败夫差，采用了范蠡的计策，就在接近成功时，在铸剑和剑术上遇到了挫折。吴国剑士不但剑利术精，且善用兵法，越人不敌。而此时出现的放羊女阿青却轻易地击败了吴国八剑士，范蠡以之为奇，将阿青接到府邸，终于使越国剑士观摩到了“神剑”的影子。就凭这“神剑”的影

　　包拯返京得知宋军告捷，杨延昭战死天狼山。天波府内哭声一片。文广刺杀庞龙失败并失落家传武器，被灵儿救出。金銮殿众人识破杨家兵器，黄公公捧剑赴天波府缉凶，灵儿杀之夺剑还于文广。王丞相携庞龙与天波府缉凶，在宗保祈求下答应宽限一日，宗保查实真相后与文广决定绑子上殿。

　　在金枪大赛上荣获冠军的尹名扬（吕颂贤 饰）与同窗好友方正一同追查炳爷等人的犯罪证据，结果遭遇身手敏捷的女杀手，阿正右手中抢伤残，阿扬则被蒙面人枪杀身亡。　　在此之后，阿扬的弟弟尹平安（吕颂贤 饰）受调归国，进入兄长生前所在的部门。在一次执行任务时，他遇到女杀手陈小明（万绮雯 饰），她正是打伤阿正

　　在金枪大赛上荣获冠军的尹名扬（吕颂贤 饰）与同窗好友方正一同追查炳爷等人的犯罪证据，结果遭遇身手敏捷的女杀手，阿正右手中抢伤残，阿扬则被蒙面人枪杀身亡。　　在此之后，阿扬的弟弟尹平安（吕颂贤 饰）受调归国，进入兄长生前所在的部门。在一次执行任务时，他遇到女杀手陈小明（万绮雯 饰），她正是打伤阿正

故事背景设定在魏晋南北朝时代，这是一个政局混乱、民不聊生的时期。当时的君主们普遍笃信佛学，而百姓也在佛教中寻找心灵的慰藉。主要角色是杨无名，一个生活在这个时代的杂耍小子，他被卷入了一宗土匪抢夺玉佛的事件。在这次事件中，他的义父被杀害，自己不得不逃离并被追杀，最终走投无路。为了逃避追杀，他决定落发为僧

大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……

京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。