距今一万年前的美洲，阿卡尼文明盛行一时，阿卡尼相信世界分为光明与黑暗两个世界，彼此间存在联络之门。有记载称阿卡尼曾打开两个世界间的门，使一些魔物肆虐世间，随后阿卡尼神秘灭亡。20世纪60年代，政府成立超自然研究部门713局，委派莱昂内尔?哈金斯博士（Matthew Walker 饰）研究阿卡尼文明，

十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒（安迪·瑟金斯 Andy Serkis 饰）带领猩猩伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猩猩的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电

凯撒（安迪·瑟金斯 饰）领导的猿族将被迫与残暴的Colonel（伍迪·哈里森 饰）领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。

威尔·罗曼为了治愈父亲的老年痴呆症，不惜进行基因药物试验。在大猩猩凯撒身上取得成功后，凯撒的智力急剧提高，引发了人类社会的不安和恐惧。被送往猩猩看护所后，凯撒与其他猩猩一起遭受残酷对待，但他利用智慧发动了一场反抗，救出了同伴并让他们也接受了治疗。