故事发生在1989年的德国，斯图加特郊区。此时正值柏林墙摇摇欲坠之际，雷艾伍德，一位陆军第三十七补给军营的战士，从长期在军队里形成的奴隶状态中苏醒，将注意力投向日益繁荣的网上黑市交易。这时一位新士官长（Scott Glenn）上任了，他明确宣布将整顿整个基地低迷的士气。艾伍德不在乎，他自信能搞定这个

杰森·伯恩（马特·达蒙 饰）在意大利被人从海上救起，他失去了记忆，除了臀部的瑞士银行帐号之外，他完全没有办法证明自己的身份。　　杰森从瑞士银行找到了大量的现金，六本护照，一把枪，同时他发现自己格斗、枪械、和语言等方面的能力，他开始追查自己的身份，并且把陌生女子玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）也卷了进来。

经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。　　为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场